Bereits 1235 soll hier eine Kirche gestanden haben, die der Mutter Maria geweiht war, vielleicht zugleich auch Johannes dem Täufer. Nach der Reformation blieb der Name "St. Johannis-Kirche". Im Laufe der Jahrhunderte ist die Kirche mehrmals neu- bzw. umgebaut und vergrößert worden.

1308 wurde der Glockenturm vom Blitz getroffen und brannte nieder. 1353 war die ganze Stadt abgebrannt, wahrscheinlich auch die Kirche. Das Fundament der Stadtkirche wurde 1434 wieder gelegt.

Seit 1458 gab es eine Orgel. (Die jetzige ist 1940/41 nach Bauplänen von Orgelbaumeister Rudolf Kühn, Merseburg, und Organist Fritz Thörmer von den Firmen Kühn - Merseburg und Kühn - Schleusingen umfassend erneuert worden.) Es handelt sich um ein Orgelwerk mit pneumatischer Traktur über 3 Manuale, Pedal, 49 Register mit 3074 Pfeifen und div. spieltechnischen Kombinationen.

Ende des 15. Jahrhunderts entstand ein Kirchen-Neubau: eine gewölbte gotische Hallenkirche, die 1498 geweiht wurde.
Der Turm ist erhalten und trägt die Jahreszahl 1483 als Baubeginn. 1608 wurde der Turm um zwei Stockwerke erhöht. Der Übergang vom Viereck zum Achteck sowie der Rundbogenfries leiten von den mittelalterlichen zu barocken Formen über. Eine neue Ausstattung mit Kanzelaltar ist 1629 geweiht worden.

1725/26 erfolgte der noch heute erhaltene Umbau des Kirchenschiffes von Grund aus in Quadern. Dabei wurde der gotische Altar- und Chorraum abgetrennt: es entstand eine Kapelle mit ca. 50 Sitzplätzen, die lange Zeit vor allem als Tauf- bzw. Traukapelle genutzt wurde. Das Kirchenschiff erhielt drei Emporen (insgesamt ca. 1000 Sitzplätze).

Die St. Ägidienkapelle, die ursprünglich außerhalb lag, wurde beim Neubau einbezogen. Das schmiedeeiserne Gitter ist ca. 500 Jahre alt und stammt aus dem Kloster Grimmenthal. Dieser letzte Umbau bzw. Neubau erfolgte unter Herrschaft August des Starken (Schleusingen war nach dem Aussterben der Henneberger Grafen bis 1660 der kur- und fürstlich sächsischen gemeinschaftlichen Regierung unterstellt und nach 1660 dem Herzogtum Sachsen - Naumburg - Zeitz zugeschlagen; schließlich bis 1815 dem Kurfürsten bzw. dem Königreich Sachsen.

Die Gipsstuckdecke des Schiffes wurde auf Grund vorhandener Schäden im Jahr 1880 ausgebrochen und durch eine flache Holzdecke ersetzt.
Die Stadtkirche St. Johannis diente in den letzten Jahrzehnten nur noch als "Sommerkirche" von Pfingsten bis zum Erntedankfest. Nach der jüngsten Restaurierung in den Jahren 1989 - 91 wurde das umgebaute Mittelgestühl mit einer elektrischen Bankheizung ausgestattet, die eine Nutzung von April bis Ende Dezember erlaubt. Als "Winterkirche" diente bis 2003 die heizbare Kapelle. Seit der Eröffnung am 1. Advent 2003 finden im Winterhalbjahr die Gottesdienste im Gemeinderaum des Gemeindezentrums statt.

In der Kirche sind mehrere Epitaphien zu sehen:

" Bild links: Holzepitaph des Christianus Fridericus Stocmeier (gestorben 01. Okt. 1775) kursächsischer Oberaufseher in Schleusingen,

" Bild rechts: Marmorepitaph der Gemahlin Stocmeiers (gestorben 15. Juli 1758), daneben
" Epitaph mit Porträt der Tochter Christianae Sophiae Stocmeier ( geboren 12. November 1734; gestorben 11. Septeptember 1760),
" Epitaph des M. Gabriel Hartmann (Conrector und Rector am Gymnasium),
" Epitaph des Georg Ernst (Stadtrichter und Amtmann),

" eine Kreuzigungsgruppe (Abb. li.) an der Westseite des Kirchenschiffes, am - Aufgang zur 1. Empore (15. Jahrhundert): Christus hängt an einem Astkreuz, Maria und Johannes als zusammengekauerte Figuren.

" der Taufständer (Abb. re.), ganz aus Kupfer getrieben, ist etwa 250 Jahre alt und stellt einen Blütenkelch dar.

In der Kapelle befinden sich an der Altarwand aus Lindenholz geschnitzte Figuren: Jesus Christus als Weltenherr und 4 Apostel sind dargestellt: (v.l.n.r.) Paulus Andreas, Simon (der Zelot), Phillipus.

Sie tragen ihre Marterwerkzeuge, mit denen sie hingerichtet wurden. Zwei Evangelisten (als Flachrelief): Johannes und Lukas (schreibend).